党委领导下的校长负责制的实质是确立党委在高校的核心领导地位，同时充分发挥校长在学校的重要作用。它体现了党委领导同校长负责的辩证统一。在这一领导体制下，党委既是政治核心又是领导核心。它是坚持社会主义办学方向的必然要求，也是新形势下加强和改善党对高校领导的有效形式。
含义：
“党委领导”有三个方面的含义：
1、从党委在学校的地位来看，党委领导下的校长负责制确立了党委在学校的领导核心、政治核心的地位。党委是学校的最高领导集体。除党委外，在学校中不能有别的核心，不能有凌驾于党委之上或与党委平起平坐的组织和个人。党委和校长的关系当然是，也只能是领导与被领导的关系。校长在党委的领导下开展工作，党委充分尊重和发挥校长在学校的重要作用。这是把握党委领导下的校长负责制的关键所在。
2、从党委的主要职责来看，党委把工作重点放在研究和决定学校的重大方针、政策问题上。党委要对学校工作中诸如改革和发展的规划和方案、年度工作计划、系处级以上干部任免、晋职晋级工作方案、经费预决算、基建大项目安排以及校生产和科研发展计划等重大问题作出决策，并围绕党和学校的中心工作加强党的建设和思想政治工作。《中共中央关于加强高等学校党的建设的通知》中规定的高校党委的主要任务就体现了党委对重大问题的决策和领导。
3、从党委的领导方式来看，党委的领导主要是政治领导、思想领导和组织领导。所谓政治领导，主要是指贯彻执行党的路线、方针、政策，坚持社会主义办学方向和培养目标，对学校的重大问题进行决策。所谓思想领导，就是依靠强有力的思想政治工作，宣传马列主义、毛泽东思想，用建设有中国特色社会主义的理论武装师生员工的头脑，调动一切积极因素办好社会主义的大学。所谓组织领导，就是加强党的组织建设，坚持党管干部的原则，发挥基层党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用，带领和组织师生员工实现党和学校的各项任务。
“校长负责”也可以从三个方面来理解：
1、从校长在学校的地位来看，校长在党委领导下全面主持学校的行政工作，是学校的最高行政首长。作为面向社会自主办学的法人实体，校长便是学校的法人代表。
2、从校长的主要职责来看，校长要全面贯彻党的教育方针，坚持把德育放在学校工作的首位，执行党委的决定，在其职责范围内积极主动、独立负责地做好教学、科研和行政管理工作，结合各项业务做好思想政治工作。统一组织实施党委集体讨论的学校重要工作。
3、从校长负责的对象来看，校长一是要向党委负责，在党委领导下工作，执行党委的集体决定；二是要向师生员工负责，领导就是服务，校长服务的对象是师生员工；三是要向社会负责，校长作为学校的法人代表，对社会负责是不言而喻的。以上三个方面中，对党委负责是最直接的、最重要的。因为，在党委领导下的校长负责制这一领导体制下，学校的决策权在党委，在决策正确的前提下，向党委负责同向师生员工负责、向社会负责是一致的；反之，学校工作出现大的失误，党委首先要承担领导责任。
笔者认为，党委领导下的校长负责制并不是“党委领导”同“校长负责”的简单相加。要从整体上把握这一体制的实质，还必须认清二者的逻辑联系。
“党委领导”，最重要的是领导师生员工贯彻执行党的基本路线和教育方针，培养德、智、体全面发展的社会主义一代新人；“校长负责”，则应在教学、科研、管理等方面体现党的路线、方针、政策，并通过行政工作将其落到实处，切实办好社会主义大学。
“党委领导”。是通过对学校重大问题的决策来体现的；“校长负责”，则应通过校长将党委的决策变成学校意志，并运用行政手段予以贯彻、实施。
“党委领导”，一般表现为宏观的、原则的领导；“校长负责”，则应将其分解为微观的、具体的领导，并通过具体的组织工作使党委的意图、指导思想、总体部署得以实现。
“党委领导”，主要是政治领导、思想领导、组织领导，较多地表现为动员号召、民主协商、组织协调、思想工作、党组织的战斗堡垒作用和共产党员的先锋模范作用等方面；“校长负责”，主要是运用行政职权，表现为规定、命令、布置、检查、督促等领导方式上，总之是用行政的方式与党委的领导方式相呼应。
在执行和完善党委领导下的校长负责制中，党委和校长应各负其责、各司其职，各自发挥其优势和特长，既坚持党委在学校的核心领导地位，又充分发挥校长在学校的重要作用，相互支持，共同做好工作。一些高校在执行党委领导下的校长负责制的实践中总结出处理好学校党政关系的“四分四合”的原则，即在工作职能上分，在工作目标上合；在工作职责上分，在工作指导思想上合；在一般工作上分，在重大问题上合；在工作制度上分，在工作关系上合。这个原则抓住了要点，体现了辩证法，很值得借鉴。
实施：
要全面执行和完善党委领导下的校长负责制，还必须确立切合高校实际、可操作的的运行机制。对于这个问题，笔者认为，当前最重要的是要把握好三个环节——党委决策、校长组织实施以及党政协调。
1、关于党委决策。党委决策的过程就是把党的路线、方针、政策和上级的指示精神同本校的实际相结合，创造性地提出和制定本校工作的重大方针、政策、原则、任务、部署等等的过程。党委决策是实行党委领导下的校长负责制的具有决定意义的一个环节。
党委对重大问题的决策，必须经过党委会的集体讨论。党委每个成员都应充分发表意见，多方面进行论证，逐步统一认识，形成集中意见。决定重要问题要经过表决，按少数服从多数的原则进行集中。书记既要善于按正确原则引导大家深入讨论问题，又要善于集中大家的意见，坚持群言堂，不搞一言堂。不能以“书记拍板”来代替党委的决议。如对重要问题发生争论，双方人数接近，除了在紧急情况下必须按多数意见执行外，应当暂缓作出决定，进一步调查研究，交换意见，下次再表决。既不能不议而决，也不能议而不决。
2、关于校长组织实施。党委对重大问题讨论决定后，属党的建设和思想政治工作方面的由党委直接组织实施。属学校行政方面的工作应由校长统一组织实施。党委要充分发挥党的政治优势和党组织的作用，支持校长按党委的决策做好学校工作。校长在统一组织实施党委决策的过程中，要注意发挥副校长的作用，充分发挥学校行政领导班子的整体功能。对于重要的行政工作要及时召开校长办公会议讨论，以求更好地贯彻落实。校长办公会议讨论问题也要充分发扬民主，集思广益。但这里不实行少数服从多数的原则，而是实行校长负责制的原则，由校长拍板定案。应明确校长和副校长的关系是上下级关系，副校长对校长负责，协助校长工作，并分管某些方面的工作。
3、关于党政协调。在贯彻落实党委对学校重大问题决策的过程中，校长着重抓组织实施工作，党委则着重于调查研究、总体指导，同时起保证和监督作用。这里，党委和行政工作能否协调一致是至关重要的。协调的办法，通常是召开党政联席会。党政领导互通情报、统一思想，以便及时调整部署，推动学校工作的顺利进展。应该明确：党政联席会不能代替党委会，不能否定党委会的决议，也不能对学校重大问题进行决策。
党政协调的关键，是党委书记和校长的协调。书记和校长都在党委领导下进行工作，彼此是平等的同志关系。由于党委书记担负着主持党委工作的职责，因而有责任对党委决策的贯彻落实进行检查、督促以至指导。党委书记要善于调查研究，发现新情况、解决新问题，并对学校行政工作适时提出意见，支持校长在其职责范围内大胆开展工作。书记和校长要经常通气、沟通思想、统一认识，特别是对学校的重大问题要能取得共识。一般地说，书记和校长的团结状况直接影响到党政班子之间的团结，进而对党委和行政领导班子内部的团结产生影响；书记和校长的协调问题直接影响党政班子之间的协调，进而对党委和行政领导班子内部的协调产生影响。因此，在执行党委领导下的校长负责制中，对党委书记和校长的党性观念、组织观念、团结共事的意识以及驾驭全局的能力提出了更高的要求。
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